Arrêt maladie de plus de 3 mois : Perte de salaire et solutions

Un arrêt maladie de plus de 3 mois entraîne presque systématiquement une perte de salaire, dont l'ampleur dépend de votre ancienneté, de votre convention collective et de l'existence d'un contrat de prévoyance. Vie Adulte vous explique.

VIE PROFESSIONNELLE

Un accident, une maladie grave, une opération qui se complique : chaque année, des milliers de salariés français se retrouvent en arrêt prolongé sans savoir précisément ce qu'ils vont percevoir. La question est légitime et souvent angoissante. Quelle est l’ampleur de la perte de salaire pour un arrêt maladie de plus de 3 mois ? La réponse dépend de plusieurs dispositifs : les indemnités journalières de la Sécurité sociale, le maintien de salaire par l'employeur et, le cas échéant, un contrat de prévoyance. On vous explique tout ça, exemples à l’appui.

Compensations de la Sécurité sociale : les indemnités journalières

Dès le premier jour d'arrêt, votre contrat de travail est suspendu. Votre employeur cesse donc de vous rémunérer normalement, et c'est l'Assurance Maladie qui prend le relais via les indemnités journalières (IJ).

Cela dit, notez qu’en France, l'Assurance Maladie applique un délai de carence de 3 jours. Ces trois premiers jours restent donc, sauf exception, sans compensation financière.

A compter du 4ème jour d’arrêt, le salarié en arrêt maladie commence à toucher une indemnité dont la base est fixée par la réglementation :

50 % du salaire journalier de base, salaire calculé à partir de la somme des 3 derniers salaires bruts précédant l'arrêt, divisée par 91,25.
Le montant maximal de l'indemnité journalière maladie de base est de 41,95 € par jour pour les arrêts prescrits à compter de février 2026.
La compensation par la Sécurité Sociale est de 360 indemnités journalières maximum sur une période de 3 années consécutives, pour un ou plusieurs arrêts de travail.

Pour continuer à percevoir ces indemnités au-delà de six mois d'arrêt, bien que le calcul reste le même, les conditions se durcissent :

Vous devez justifier d'une affiliation à un régime de Sécurité sociale depuis au moins 12 mois.
Et avoir travaillé au moins 600 heures lors des 12 mois civils précédant l'arrêt, ou avoir cotisé sur une rémunération au moins égale à 2 030 fois le montant du SMIC horaire.

Compensation de salaire par l'employeur : à quelles conditions ?

Au-delà des IJ versées par la Sécurité sociale, votre employeur peut être tenu de vous verser un complément de salaire, en application de l'article L. 1226-1 du Code du travail. Ce maintien n'est pas automatique : il est soumis à plusieurs conditions cumulatives.

Pour en bénéficier, vous devez notamment :

Justifier d'au moins un an d'ancienneté dans l'entreprise au premier jour d'absence,
Avoir transmis votre arrêt à votre employeur dans les 48 heures,
Être soigné en France ou dans l'Espace économique européen,
Ne pas être travailleur à domicile ou salarié saisonnier, intermittent ou temporaire,
Et percevoir effectivement les indemnités journalières de la Sécurité sociale.

Comme pour les indemnités de la Sécurité Sociale, un délai de carence s’applique pour la compensation par l’employeur. Mais celui-ci est plus long : 7 jours, ce qui ouvre vos indemnités employeur à partir du 8ème jour d’arrêt.

Le montant du maintien de salaire s'élève à 90 % de la rémunération brute pendant les 30 premiers jours d'arrêt, puis à 66,66 % les 30 jours suivants. Les périodes d'indemnisation augmentent de 10 jours par tranche de 5 ans d'ancienneté, dans la limite de 90 jours.

Cela signifie concrètement que si l'arrêt maladie se prolonge au-delà de 3 mois pour le salarié avec moins de 5 ans d'ancienneté (et jusqu’à 6 mois pour les anciennetés plus longues), il ne reçoit plus que les IJ de la Sécurité sociale, soit environ 50 % de son salaire brut plafonné. La perte de salaire est donc bien réelle, et souvent sous-estimée.

Trois exemples concrets pour comprendre ce que vous percevez vraiment

Les règles générales prennent tout leur sens lorsqu'on les applique à des situations réelles. Voici trois profils illustrant la diversité des situations, basés sur les barèmes légaux en vigueur en 2026.

Monsieur A., employé de commerce non cadre, 1 900 € brut/mois, 4 ans d'ancienneté

Monsieur A. travaille dans un supermarché (convention collective du commerce de détail et de gros IDCC 2216) et perçoit 1 900 € brut par mois, soit environ 1 496 € net. Son arrêt maladie débute le 2 février pour une durée de 4 mois, soit 120 jours.

Voici le calcul de ses différentes indemnités :

(1 900 × 3) / 91,25 = 62,47 € brut/jour pour le salaire journalier de base,
62,47 × 50 % = 31,23 € brut/jour d'IJSS par jour, versés à compter du 4e jour,
Pour le complément employeur à 90% des 30 premiers jours :
- 62,47 × 90 % = 56,23 € brut/jour,
- 56,23 − 31,23 = 25,00 € net employeur/jour,
Pour le complément employeur à 66% des 30 jours suivants :
- 62,47 × 66,66 % = 41,64 € brut/jour,
- 41,64 − 31,23 = 10,41 € net employeur/jour

En tenant compte des calculs ci-dessus, des carences de 3 jours pour la Sécurité Sociale et 7 jours pour le complément employeur, ainsi que de la durée des compensations selon l'ancienneté de Monsieur A., le calendrier de versement serait comme suit :

Versement 1 : CPAM, vers le 19 février IJ du 5 au 18 fév. = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 2 : CPAM, vers le 5 mars IJ du 19 fév. au 4 mars = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 3 : Employeur, fin février (bulletin de paie) Maintien 90 % du 9 au 28 fév. = 20 jours → 19,16 × 20 = 383,20 €
Versement 4 : CPAM, vers le 19 mars IJ du 5 au 18 mars = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 5 : Employeur, fin mars (bulletin de paie) Maintien 90 % du 1er au 29 mars = 29 jours → 19,16 × 29 = 555,64 €
Versement 6 : CPAM, vers le 2 avril IJ du 19 mars au 1er avril = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 7 : CPAM, vers le 16 avril IJ du 2 au 15 avril = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 8 : Employeur, fin avril (bulletin de paie) Maintien 66,66 % du 30 mars au 30 avril = 31 jours → 7,93 × 31 = 245,83 €
Bascule de 90 % à 66,66 % le 30 mars
Versement 9 : CPAM, vers le 30 avril IJ du 16 au 29 avril = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 10 : CPAM, vers le 14 mai IJ du 30 avril au 13 mai = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 11 : CPAM, vers le 28 mai IJ du 14 au 27 mai = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 12 : Employeur, fin mai (bulletin de paie) Maintien 66,66 % du 1er au 28 mai = 28 jours → 7,93 × 28 = 221,96 €
Maintien s'arrête le 28 mai
Versement 13 : CPAM, vers le 11 juin IJ du 28 mai au 10 juin = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 14 : CPAM, vers le 25 juin IJ du 11 au 24 juin = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 15 : CPAM, vers le 9 juillet IJ du 25 juin au 1er juil. = 7 jours → 23,84 × 7 = 166,88 €

À partir du 68e jour d'arrêt (7 jours de carence + 60 jours de maintien), Monsieur A. ne perçoit plus que les IJ de la Sécurité sociale d'environ 31 € par jour, soit environ 930 € par mois. Sur les deux derniers mois de son arrêt, sa perte mensuelle nette dépasse 550 €. Sans prévoyance complémentaire, la perte est immédiate et durable dès l'entrée dans le troisième mois.

Madame B., aide à domicile,1 450 € brut/mois, 6 ans d'ancienneté

Madame B. est salariée dans une structure d'aide à domicile à temps partiel. Son salaire brut est de 1 450 € par mois. Un arrêt maladie prolongé de 5 mois lui est prescrit à compter du 2 février.

Voici le calcul de ses différentes indemnités :

(1 450 × 3) / 91,25 = 47,67 € brut/jour pour le salaire journalier de base,
47,67 × 50 % = 23,84 € brut/jour à verser à compter du 4e jour,
Pour le complément employeur à 90% des 30 premiers jours :
- 47,67 × 90 % − 23,84 = 43,00 − 23,84 = 19,16 € net employeur/jour
Pour le complément employeur à 66% des 30 jours suivants :
- 47,67 × 66,66 % − 23,84 = 31,77 − 23,84 = 7,93 € net employeur/jour

Pour Madame B. le calendrier des versements serait comme suit :

Versement 1 : CPAM, vers le 19 février IJ du 5 au 18 fév. = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 2 : CPAM, vers le 5 mars IJ du 19 fév. au 4 mars = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 3 : Employeur, fin février (bulletin de paie) Maintien 90 % du 9 au 28 fév. = 20 jours → 19,16 × 20 = 383,20 €
Versement 4 : CPAM, vers le 19 mars IJ du 5 au 18 mars = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 5 : Employeur, fin mars (bulletin de paie) Maintien 90 % du 1er au 29 mars = 29 jours → 19,16 × 29 = 555,64 €
Versement 6 : CPAM, vers le 2 avril IJ du 19 mars au 1er avril = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 7 : CPAM, vers le 16 avril IJ du 2 au 15 avril = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 8 : Employeur, fin avril (bulletin de paie) Maintien 66,66 % du 30 mars au 30 avril = 31 jours → 7,93 × 31 = 245,83 €
Bascule de 90 % à 66,66 % le 30 mars
Versement 9 : CPAM, vers le 30 avril IJ du 16 au 29 avril = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 10 : CPAM, vers le 14 mai IJ du 30 avril au 13 mai = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 11 : CPAM, vers le 28 mai IJ du 14 au 27 mai = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 12 : Employeur, fin mai (bulletin de paie) Maintien 66,66 % du 1er au 28 mai = 28 jours → 7,93 × 28 = 221,96 €
Maintien s'arrête le 28 mai
Versement 13 : CPAM, vers le 11 juin IJ du 28 mai au 10 juin = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 14 : CPAM, vers le 25 juin IJ du 11 au 24 juin = 14 jours → 23,84 × 14 = 333,76 €
Versement 15 : CPAM, vers le 9 juillet IJ du 25 juin au 1er juil. = 7 jours → 23,84 × 7 = 166,88 €

Madame C., cadre dans une entreprise de services, 4 500 € brut/mois, 12 ans d'ancienneté

Madame C. est cadre dans une entreprise de services couverte par la convention collective Syntec. Son salaire brut est de 4 500 € par mois, soit environ 3 465 € net. Elle est victime d'un accident non professionnel nécessitant un arrêt de 6 mois à compter du 2 février.

Voici le calcul de ses différentes indemnités :

(4 500 × 3) / 91,25 = 147,95 € brut/jour pour le salaire journalier de base,
147,95 × 50 % = 73,97 €,/jour au-dessus du plafond légal de 41,95€. Le plafond de 41,95 € brut/jour est donc la somme retenue à verser à compter du 4e jour,
Pour le complément employeur à 90% des 30 premiers jours :
- 147,95 × 90 % − 41,95 = 133,16 − 41,95 = 91,21 € net employeur/jour
Pour le complément employeur à 66% des 30 jours suivants :
- 147,95 × 66,66 % − 41,95 = 98,61 − 41,95 = 56,66 € net employeur/jour

Pour Madame C. le calendrier des versements serait comme suit :

Versement 1 : CPAM, vers le 19 février IJ du 5 au 18 fév. = 14 j → 41,95 × 14 = 587,30 €
Versement 2 : CPAM, vers le 5 mars IJ du 19 fév. au 4 mars = 14 j → 41,95 × 14 = 587,30 €
Versement 3 : Employeur, fin février (bulletin de paie) Maintien 90 % du 9 au 28 fév. = 20 j → 91,21 × 20 = 1 824,20 €
Versement 4 : CPAM, vers le 19 mars IJ du 5 au 18 mars = 14 j → 41,95 × 14 = 587,30 €
Versement 5 : Employeur, fin mars (bulletin de paie) Maintien 90 % du 1er au 31 mars = 31 j → 91,21 × 31 = 2 827,51 €
Versement 6 : CPAM, vers le 2 avril IJ du 19 mars au 1er avril = 14 j → 41,95 × 14 = 587,30 €
Versement 7 : CPAM, vers le 16 avril IJ du 2 au 15 avril = 14 j → 41,95 × 14 = 587,30 €
Versement 8 : Employeur, fin avril (bulletin de paie) Maintien 90 % du 1er au 28 avril = 28 j → 91,21 × 28 = 2 553,88 € Maintien 66,66 % du 29 au 30 avril = 2 j → 56,66 × 2 = 113,32 € Total : 2 667,20 €
Bascule de 90 % à 66,66 % le 29 avril
Versement 9 : CPAM, vers le 30 avril IJ du 16 au 29 avril = 14 j → 41,95 × 14 = 587,30 €
Versement 10 : CPAM, vers le 14 mai IJ du 30 avril au 13 mai = 14 j → 41,95 × 14 = 587,30 €
Versement 11 : Employeur, fin mai (bulletin de paie) Maintien 66,66 % du 1er au 31 mai = 31 j → 56,66 × 31 = 1 756,46 €
Versement 12 : CPAM, vers le 28 mai IJ du 14 au 27 mai = 14 j → 41,95 × 14 = 587,30 €
Versement 13 : CPAM, vers le 11 juin IJ du 28 mai au 10 juin = 14 j → 41,95 × 14 = 587,30 €
Versement 14 : Employeur, fin juin (bulletin de paie) Maintien 66,66 % du 1er au 30 juin = 30 j → 56,66 × 30 = 1 699,80 €
Versement 15 : CPAM, vers le 25 juin IJ du 11 au 24 juin = 14 j → 41,95 × 14 = 587,30 €
Versement 16 : CPAM, vers le 9 juillet IJ du 25 juin au 8 juil. = 14 j → 41,95 × 14 = 587,30 €
Versement 17 : Employeur, fin juillet (bulletin de paie) Maintien 66,66 % du 1er au 6 juil. = 6 j → 56,66 × 6 = 339,96 €
Maintien s'arrête le 6 juillet
Versement 18 : CPAM, vers le 23 juillet IJ du 9 au 22 juil. = 14 j → 41,95 × 14 = 587,30 €
Versement 19 : CPAM, vers le 5 août IJ du 23 juil. au 1er août = 10 j → 41,95 × 10 = 419,50 €

Ici, le contrat de prévoyance cadre obligatoire entre en jeu : il prend en charge le différentiel entre les IJ de la Sécurité sociale et un niveau de rémunération cible, généralement fixé entre 70 % et 80 % du salaire net de référence, soit un complément mensuel de l'ordre de 1 200 à 1 500 € via la prévoyance. Avec 12 ans d'ancienneté, le maintien légal couvre 70 jours à 90 % puis 70 jours à 66,66 %, soit 140 jours au total. Au-delà, seuls la prévoyance et les IJ restent actifs.

Ce troisième exemple illustre une réalité contre-intuitive : plus le salaire est élevé, plus l'écart entre le revenu habituel et les indemnités de la Sécurité sociale est important, et plus la prévoyance devient stratégique.

Lire son bulletin de paie pendant un arrêt maladie

En cas d'arrêt prolongé déroute souvent les salariés, plusieurs lignes distinctes peuvent apparaître sur le bulletin de paie, et leur compréhension est indispensable.

Dans ce contexte, le bulletin de paie fait généralement apparaître une déduction au titre des jours non travaillés, les indemnités journalières de la Sécurité sociale (dans le cas d'une subrogation par l'employeur), et le complément patronal calculé selon les règles d'ancienneté décrites précédemment.

Lorsque l'employeur opte pour la subrogation, les IJSS figurent sur la fiche de paie avec la mention "revenus de remplacement", ce qui simplifie la gestion du bulletin de salaire. La subrogation désigne le mécanisme par lequel l'employeur perçoit directement les IJ de la CPAM, puis vous reverse l'intégralité de votre rémunération de remplacement en une seule fois sur votre fiche de paie. Ce mécanisme évite au salarié les décalages de paiement : il reçoit tout sur son bulletin habituel sans attendre les versements échelonnés de la Sécurité sociale.

Si votre employeur ne pratique pas la subrogation, vous percevez directement les IJ de la CPAM tous les 14 jours en moyenne (d’où le fractionnement des versements dans les exemples donnés précédemment), et le complément patronal via votre fiche de paie habituelle.

La prévoyance collective et individuelle : le filet de sécurité essentiel

Face au constat que les IJ de la Sécurité sociale et le maintien légal de l'employeur ne permettent pas, au-delà de 3 mois, de couvrir la totalité du salaire habituel pour les salariés dont l’ancienneté est de moins de 5 ans, le contrat de prévoyance constitue le véritable rempart contre la perte de revenus prolongée.

De nombreuses conventions collectives imposent à l'employeur de souscrire un contrat de prévoyance collective pour ses salariés. Ce contrat prend en charge le différentiel entre ce que verse la Sécurité sociale et un niveau de rémunération cible, souvent fixé entre 70 % et 100 % du salaire net. Les garanties et les durées d'indemnisation varient selon les organismes et les accords de branche, mais elles peuvent couvrir plusieurs années d'arrêt prolongé.

Si votre entreprise ne propose pas de prévoyance collective, ou si vous êtes travailleur indépendant, il est possible de souscrire à titre individuel une assurance perte de revenus. Ces contrats prévoient généralement un délai de franchise (la période après laquelle les garanties s'activent) et des conditions liées à l'état de santé à la souscription.

Pour connaître vos droits précis, consultez votre convention collective, votre contrat de travail, et rapprochez-vous de votre CPAM ou de votre service RH.